Se denomina contaminación en infectología a la presencia de un germen en una muestra de sangre, orina, liquido cefalorraquídeo u otros, siendo ajena a este su presencia, también se denomina a la presencia de microorganismos en objetos inanimados o superficies corporales como las manos, que no producen invasión de tejidos ni reacciones fisiológicas.
Actualmente en la pandemia del COVID 19 esta vigente este concepto, sobre el cual debemos de actuar para la prevencion en el ámbito de la comunidad, asi como en el hospitalario, para prevenir el contagio o la contaminación cruzada hospitalaria.
La colonización es un concepto que se aplica cuando hay presencia de microorganismos en el huésped, con capacidad de multiplicarse pero aun no hay respuesta inmune ni manifestaciones clínicas.
La infección es la respuesta inflamatoria secundaria a la colonización de microorganismos puede ubicarse en un solo órgano o sistema por ejemplo la infección del sistema urinario, luego puede continuar el proceso infeccioso y diseminarse a la sangre ocasionándose la bacteriemia.